Conflits inter-spécifiques à l'échelle microscopique...

   Les épidémies ne constituent qu'un aspect paroxystique des relations entre différentes espèces de différentes tailles, étant donné que les bactéries, les virus et autres organismes coexistent, coopèrent, se combattent, vivent et meurent les uns par les autres, suivant des "étagements" complexes, des êtres monocellulaires aux grandes "entités" pluricellulaires. Jusqu'à l'invention du microscope et du microscope électronique, l'homme n'avait aucune idée de la complexité de sa constitution et en était réduit aux spéculations plus ou moins élaborées. Ce n'est que très récemment que les sociétés humaines ont pu se doter d'outils leur permettant d'utiliser au mieux - mais c'est très très loin d'être parfait! - les réalités biologiques à leur profit. Même en en ayant une connaissance parcellaire, nombre d'entreprises et d'États, mus par divers mobiles, ont commencé à utiliser des micro-organismes de manière très diverses et ont d'ailleurs contribué à provoquer d'autres catastrophes.

La notion de conflit appliquée aux micro-organismes....

   Avant d'aller plus loin, il faut tout de même réfléchir plus sur la notion de conflit, surtout lorsqu'on discute du "comportement" en dehors de l'espèce humaine, pour laquelle ce concept a d'abord été émis.

Tout d'abord, s'il est vrai que le conflit peut être inconscient, au sens qu'il existe, préexiste par rapport à son expression, en tant qu'existence d'intérêts (au sens très large) contradictoires, il faut s'interroger sur l'extension de cette notion à d'autres espèces et encore plus au monde végétal qu'au monde animal (à ce dernier monde appartiennent les êtres microscopiques qui nous intéressent ici). Lorsqu'on a affaire à des chaines d'évènements aussi stéréotypés dans ces espèces, on ne peut s'empêcher de considérer que ceux-ci sont plus proches des réactions et contre-réactions chimiques que des stratégies mises en oeuvre dans les sociétés humaines. De fait, on a affaire à des phénomènes qui se reproduisent de manière systématique entre unités ou individus des espèces non humaines, tant et si bien que si l'on peut parler de conflits - en ce sens qu'il existe bien des conditions contradictoires de vie et de survie - il est difficile de discuter de stratégies, de tactiques - même lorsqu'on a affaire à des comportements compliqués - sans tomber dans un anthropomorphisme qui n'a cessé de faire des dégâts dans la pensée humaine. Aussi, s'il y a bien des conflits microscopiques entre espèces différentes, c'est bien plus dans leur situation et leur condition d'existence que dans les modalités complexes, "pensées", que l'on ne rencontre que dans l'espèce humaine ou dans des espèces dotées d'intelligence permettant de distinguer le court du moyen et du long terme. Car, loin des possibilités de retarder des actions dans l'espoir de rencontrer des circonstances plus favorables, la qualité des actions des micro-organismes est très quantifiable par rapport à des face à face immédiats et provoquant des réactions reproductibles à l'infini. C'est ce qui fait que l'on peut précisément lutter contre l'action de certains micro-organismes "s'attaquant" à l'être humain : leur reproductibilité quasi-indéfinie, leur prévisibilité, même si bien entendu l'écheveau des interactions est si complexe qu'il arrive à un moment donné que nos techniques deviennent contre-productives... Même dans des ouvrages sur la microbiologie, il est vrai destinés au grand public - car dans ceux écrits pour les étudiants en médecine par exemple, cela est bien moins appuyé - comme celui de Pascale COSSART, la tentation d'un certaine anthropomorphisme transpire. "Les bactéries ont donc une vie sociale très élaborée : en plus de leur capacité à vivre en groupe, et sans doute afin de vivre en groupe, elles peuvent communiquer entre elles en utilisant un langage chimique qui leur permet de se reconnaître par espèces ou par grandes familles, et de se distinguer les unes des autres..." Or, s'il existe toute une succession d'actions et de réactions lorsque des groupes de bactéries rencontrent d'autres espèces, cela n'infère pas qu'elles vivent en société et qu'elles aient une vie sociale... Mais heureusement, même dans cet ouvrage, on en vient pas à une description type Disney (le summum de l'anthropomorphisme au cinéma et dans la bande dessinée...), dotant les bactéries de portables ou d'armements!

Les différentes découvertes techniques au service de l'étude des "comportements" des micro-organismes.

   Pour en revenir à des conceptions plus précises et sérieuses, les diverses technologies (microscopes de plus en plus précis, utilisations de la manière même où les bactéries évoluent, manipulations des sections d'ADN...), ont amené à un nouveau regard sur la vie des organismes vivants, sur les maladies infectieuses. Les bactéries comme les virus se regroupent suivant les caractéristiques bio-chimiques des milieux où ils se trouvent, présents sur des surfaces de tout genre (sous forme de "biofilms"). On avait l'habitude d'isoler un nombre restreint de bactéries pour les observer, les marquer, les suivre dans leurs comportements, mais ces micro-organismes vivent ensemble en très grand nombre, vivant en harmonie ou non avec d'autres micro-organismes, formant des groupes très hétérogènes mais stables. Lorsque ces groupes deviennent gigantesques, à l'échelle de leur environnement, et sont présents en association avec d'autres, parasites ou virus, on parle de "microbiote". Et ces micro-biotes évoluent en fonction de leur environnement, par exemple dans le corps humain. Suivant des caractéristiques que la recherche scientifique tentent de cerner et qui dépendent des habitudes alimentaires, du patrimoine génétique et des maladies, et du comportement en général de l'individu. Si des auteurs parlent de vie sociale, c'est surtout par analogie - avec aucune volonté de déduire autre chose - et par les comportements si complexes de ces groupes de micro-organismes : alimentation, contractions, dilatations, colonisations d'autres environnements, réactions particulières lors de la rencontre avec d'autres espèces, processus de défense et d'attaque (qui revêtent tous un caractère d'automaticité, comparable aux réactions acido-basiques en chimie), exclusions ou inclusions en leur sein de la totalité ou d'une partie de ces micro-organisme rencontrés. Ce qui fait apparaitre des compatibilités et des incompatibilités immuables entre micro-organismes en conflit ou en coopération... Alors qu'on avait tendance à ne considérer les bactéries et les virus que sous l'angle des maladies infectieuses que certains causent à la rencontre des organismes humains, on conçoit aujourd'hui les êtres humains comme la composition complexe de myriades de bactéries et de virus, dont seulement une petite partie est en définitive nuisible à leur intégrité. Et bien entendu, ces bactéries et virus ont un rôle capital dans le développement de l'ontogenèse et de la phylogenèse, dans la formation de l'individu comme dans l'évolution de l'espèce.

Une socio-microbiologie

   Cette socio-microbiologie, décrite par exemple par Pascale COSSART, n'a rien à voir avec une quelconque sociologie de microbiotes et le terme lui-même veut signifier que les bactéries, virus, etc vivent, agissent, inter-agissent en groupes, les types de groupes permettant de les distinguer les uns des autres, de manière plus proches des molécules rencontrées en chimie organique que des insectes qui forment des sociétés à un niveau bien plus sophistiqué et de plus entre individus parfois extrêmement reconnaissables les uns des autres...

       Cette socio-microbiologie étudie la manière dont les bactéries s'assemblent (elles agissent en groupe, on se serait bien douté qu'il n'y avait pas qu'une bactérie agissant seule...) en véritables biofilms, observés pour la première fois par COSTERSON en 1978, mode de vie naturel de pratiquement toutes les bactéries. Ce mode de vie est maintenant de plus en plus étudié alors que la microbiologie classique s'était attachée après PASTEUR et KOCH, à étudier les bactéries en les faisant croitre en cultures pures, dans des flacons, dans des conditions parfois très éloignées de leurs conditions naturelles de croissance. C'est parce qu'elles s'agglutinent ainsi qu'elles peuvent résister ou "coopérer" avec d'autres micro-organismes. Mobiles, ces biofilms peuvent s'incruster dans des surfaces dont on les croit disparues, ses différents éléments pouvant mener un temps une "vie indépendante"... Elle étudie aussi comment les bactéries "communiquent" entre elles, dans un langage chimique, grâce à des substances bio-moléculaires qui circulent d'un groupe à l'autre, comme circulent des milliards de molécules dans nos organismes. Si la peau par exemple apparait fixe sur nos mains et nos bras à nos yeux, elle est formée néanmoins en partie de substances qui circulent constamment. Les différents mouvements des bactéries peuvent être modifiés par une action sur ces diverses substances, indispensables pour la conjugaison, la transformation, l'échange de matériel génétique comme pour leurs mouvements d'un endroit à un autre de manière générale. Alors que les substances moléculaires simples sont animées d'un mouvement brownien, les micro-organismes  se meuvent suivant des directions précises induites par la présence ou l'absence de nombreuses molécules organiques (et même minérales), et c'est ce qui caractérise d'ailleurs leur vie, par rapport à la matière inerte. Cette microbiologie étudie également comment les bactéries "s'entretuent", pour reprendre le langage adopté par Pascale COSSART.

   "Dans tous les domaines du vivant, écrit-elle, la lutte pour la vie et la rivalité entre les individus sélectionnent naturellement (c'est la sélection naturelle) ceux qui se sont le plus vite et le mieux adapté à un environnement donné. La transmission des caractères acquis contribue à l'évolution, et même à la naissance de nouvelles espèces". Elle pense s'inspirer de Charles DARWIN, mais c'est en fait de LAMARCK qu'elle tire cette présentation un peu lapidaire. Si l'évolution sélectionne les bactéries les mieux adaptées, ce n'est pas par le phénotype, mais par le génotype qu'elle l'effectue. Dans le grand mouvement tourbillonnant des actions-réactions entre groupes de bactéries, les agents extérieurs (virus, bactéries...) s'attaquent aux bactéries et les bactéries, assez rapidement, réussissent ou non de se protéger, suivant leurs ressources internes. "On sait que certaines bactéries peuvent ainsi libérer dans le milieu où elles se trouvent un grand nombre de poisons différents et spécifiques, des "bactériocines", des toxines qui tuent leur victimes. Les bactéries productrices de bactériocines sont, elles, protégées par des protéines d'immunité, qui empêchent suicides et fratricides. Il existe d'autres mécanismes que les bactériocines par lesquels les bactéries s'entre-tuent, mais ceux-là nécessitent un contact physique entre les bactéries qui, alors, s'agressent réellement' O a notamment récemment découvert un système très sophistiqué, qui mène, vie la système très sophistiqué, qui mène via le système de sécrétion de type VI, à de véritables duels bactérie-bactérie qui évoquent des duels d'escrime." Anthropomorphisme, quand tu nous tient!  Il est pourtant d'autres modes de descriptions de ce que les microbiologistes découvrent par leur appareillage complexe...   Inhibition de la croissance dépendant d'un contact bactérie-bactérie, sécrétion de type VI : attaque et contre-attaque, c'est ce qu'ils découvrent... Pas la peine d'évoquer les mauvaises habitudes humaines!

Symbioses, fondements de la vie biologique...

   "Une véritable révolution secoue actuellement le monde de la microbiologie et nous révèle de façon spectaculaire et assez inattendue que la vie de tous les organismes vivants repose sur des symbioses avec des bactéries, ou plutôt avec des communautés de bactéries et de micro-organismes. Ces communautés ont une composition fluctuantes, et jouent des rôles innombrables, affectant en profondeur la physiologie et la pathologie des organismes, en particulier celles de l'homme depuis les étapes précoces du développement de l'embryon jusqu'à la fin de la vie?" C'est tout un "étagement" de symbioses que les chercheurs étudient alors. C'est en étendant le champ de leurs investigations, au-delà du 1% des bactéries isolées et étudiées en monoculture dans des milieux liquides ou solides (les fameuses boites de Pétri), qu'ils découvrent tout un monde et commence à comprendre comment fonctionnent les organismes vivants, des plus petits aux plus complexes. Ils peuvent, grâce à de nouvelles technologies étudier réellement le microbiote intestinal, et voir comment s'organisent les métabolismes globaux, avec des applications très concrètes concernant par exemple les mécanismes de l'obésité. Il peuvent étudier les relations par exemple entre le rythme circadien, et bien d'autres rythmes et les évolutions des différents microbiotes. Tous les organes peuvent faire l'objet alors d'études globales, avec toujours pour objectif de comprendre l'activité des bactéries pathogènes, et de maitriser les grands fléaux comme les nouvelles maladies...

   Une nouvelle compréhension du rôle de agents pathogènes dans les grands fléaux et les maladies diverses est permise par ces nouvelles technologies d'observation médicale. Elles indiquent que parmi tous ces micro-organismes qui contribuent à la vie d'organismes plus complexes (jusqu'au nôtre), une minorité d'entre eux, pour toutes sortes de raisons et de manière variable suivant les circonstances, possèdent un rôle néfaste et au lieu de s'installer dans une sorte de symbiose, à la limite parasite, s'attaque à la structure de l'organisme hôte. Suivant les conditions de l'environnement extérieur, ces bactéries pathogènes déploient toute une gamme de stratégie pour le faire. Certaines adhèrent aux cellules sans y pénétrer, émettant des substances qui les traumatisent, d'autres y entrent. Pour s'attaquer à leurs différentes composantes, et parfois jusqu'à leur ADN.

   Les nouveaux outils technologiques à notre disposition permettent d'élaborer des visions nouvelles face aux infections. Seule une partie des individus exposés à un agent pathogène donné - bactérie ou autre micro-organisme - développe la maladie, et le degré de gravité change d'un individu à l'autre. cela peut être dû à ds variations au sein de l'espèce pathogène responsable de la maladie, à des facteurs environnementaux ou à des modifications chez l'individu infecté. La connaissance de plus en plus fine des bactéries permet de les envisager, au moyen d'interventions sur ces bactéries, comme outils de recherche et même d'outils pour la santé et la société, de les transformer en alliés plus fiables de la structure des organismes ou même de les "retourner", comme on dit en langage stratégique, pour lutter efficacement contre leurs propres congénères...

   On voit bien que si on emploie avec des bactéries des moyens plus ou moins complexes pour s'en faire des auxiliaires de santé par exemple, il n'est pas besoin de les doter d'attributs qui les ferait ressembler à des soldats enrôler dans une armée de défense. L'emploi d'un langage anthropomorphique et militaire n'est pas indispensable pour comprendre les bactéries - et les virus de même - et entreprendre des actions qui peuvent s'apparenter à celles existantes dans les conflits entre humains...

  Jusqu'à très récemment, la microbiologie médicale était l'étude des micro-organismes pathogènes pour l'homme. Maintenant, toujours avec le même objectif de diagnostic des infections, en embrassant également l'épidémiologie, la pathogenèse et le traitement comme la prévention des maladies infectieuses, il s'agit d'avoir une vue globale dune socio-microbiologie qui englobe tant les micro-organismes partie prenante de la vie d'organismes supérieurs (que ce soit des plantes, des insectes ou des hommes) que de ceux-ci qui les mettent en danger.

 Pascale COSSART, La Nouvelle Microbiologie, Des microbiotes aux CRISPER, Odile Jacob, 2016. Atlas de poche Microbiologie, Falmmarion, Médecine-Sciences, 1997.

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